En Colombia, se han realizado esfuerzos para implementar la coordinación gubernamental en el país, estableciendo mecanismos legales que coadyuven a una efectiva gestión de gobierno destinados a fortalecer la comunicación, coordinación y cooperación entre las diversas dependencias e instituciones del Estado.

De acuerdo al Art. 45 de la Ley 489 "Por el cual se dictan normas sobre organización y funcionamiento de las entidades del orden nacional, se expiden las disposiciones, principios y reglas generales para el ejercicio de las atribuciones previstas en los numerales 15 y 16 del artículo 189 de la Constitución Política y se dictan otras disposiciones", publicado el 29 de diciembre de 1998 corresponde al Gobierno Nacional, a través del Presidente de la República, crear Comisiones Intersectoriales para una efectiva coordinación y orientación superior de ciertas funciones y servicios públicos que se encuentren a cargo de dos o más ministerios, departamentos administrativos o entidades descentralizadas.

El Art. 13 del Decreto 4657 "Por el cual se modifica la estructura del Departamento Administrativo de la Presidencia de la República", publicado el 27 de diciembre de 2006 señala que el Vicepresidente de la República le corresponde presidir las Comisiones Intersectoriales en las misiones o encargos especiales que le confíe el Presidente de la República.

La coordinación gubernamental en Colombia se realiza a través de las Comisiones Intersectoriales, cuya rectoría recae en el Vicepresidente de la República (Art. 13° del Decreto 4657 "Por el cual se modifica la estructura del Departamento Administrativo de la Presidencia de la República", publicado el 27 de diciembre de 2006).

Las Comisiones Intersectoriales tienen como finalidad articular la ejecución de funciones y la prestación de servicios que comprometen organismos y entidades de diferentes sectores administrativos. Se encuentran integradas por los ministros, directores de departamento administrativo, superintendentes y representantes legales de los organismos y entidades que tengan a su cargo las funciones y actividades en referencia (Art. 45 de la Ley 489 "Por el cual se dictan normas sobre organización y funcionamiento de las entidades del orden nacional, se expiden las disposiciones, principios y reglas generales para el ejercicio de las atribuciones previstas en los numerales 15 y 16 del artículo 189 de la Constitución Política y se dictan otras disposiciones", publicado el 29 de diciembre de 1998).

Las estrategias y mecanismos de coordinación gubernamental en el gobierno colombiano se realizan a través de las denominadas Comisiones Intersectoriales conformadas en función de las iniciativas y prioridades estatales:

Las Comisiones Intersectoriales son las siguientes:

1. Comisión Colombiana del Océano (CCO). La CCO se creó a través del  Decreto 347 "Por el cual se modifica la Comisión Colombiana de Oceanografía y se dictan otras disposiciones", publicado el 1 de marzo de 2000 con el propósito de brindar asesoría, consulta, planificación y coordinación al Gobierno Nacional en materia de Política Nacional del Océano y de los Espacios Costeros y sus diferentes temas conexos, estratégicos, científicos, tecnológicos, económicos y ambientales relacionados con el desarrollo sostenible de los mares colombianos y sus recursos. La CCO se encuentra integrada por:

1. El Vicepresidente de la República quien la preside
2. El Ministro de Relaciones Exteriores o su delegado permanente, el Viceministro de Relaciones Exteriores
3. El Ministro de Defensa Nacional o su delegado permanente a quien él designe
4. El Ministro de Agricultura y Desarrollo Rural o su delegado permanente, el Viceministro de agricultura
5. El Ministro de Comercio, Industria y Turismo o su delegado permanente, el Viceministro que él designe
6. El Ministro de Minas y Energía o su delegado permanente, el Viceministro que él designe
7. El Ministro de Educación o su delegado permanente, el Viceministro que él designe
8. El Ministro de Transporte o su delegado permanente, el Director General de Transporte Marítimo o quién haga sus veces
9. El Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible
10. El Comandante de la Armada Nacional o su delegado permanente, el Segundo Comandante de la Armada Nacional
11. El Director del Departamento Nacional de Planeación o su delegado permanente, el subdirector del Departamento Nacional de Planeación
12. El Director General Marítimo o su delegado permanente a quien él designe
13. El Director General del Instituto Colombiano para el Desarrollo de la Ciencia y la Tecnología (COLCIENCIAS) o su delegado permanente el Subdirector de Programas de Desarrollo Científico y Tecnológico o quien haga sus veces
14. El Presidente de la Asociación Colombiana de Universidades (ASCUN) o su delegado permanente el Vicepresidente respectivo
15. Un delegado del señor Presidente de la República con su suplente, vinculados al sector productivo marino
16. Un delegado del señor Presidente de la República con su suplente, vinculados a las Organizaciones No Gubernamentales de carácter ambiental

2. Comisión Colombiana del Espacio (CCE). La CCE se creó a través del Decreto 2442 "Por el cual se crea la Comisión Colombiana del Espacio", publicado el 18 de julio de 2006 con el propósito de fortalecer el conocimiento sobre la Tierra y el espacio ultraterrestre, mediante la utilización de tecnologías modernas que permitan la conectividad y comunicación con todo el territorio nacional empleando directa e indirectamente las tecnologías espaciales de telecomunicaciones, y brindar el uso de información proveniente de sensores remotos para la observación de la Tierra. La CCE se encuentra conformada por:

1. Vicepresidencia de la República que la preside
2. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural
3. El Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible
4. Ministerio de Comercio, Industria y Turismo
5. Ministerio de Tecnologías de la Información y las Comunicaciones (MINTIC)
6. Ministerio de Defensa Nacional
7. Ministerio de Educación Nacional
8. Ministerio del Interior y Justicia
9. Ministerio de Minas y Energía
10. Ministerio de Salud y Protección Social
11. Ministerio de Relaciones Exteriores
12. Ministerio de Transporte
13. Instituto Geográfico Agustín Codazzi (IGAC)
14. Instituto de Hidrología, Meteorología y Estudios Ambientales (IDEAM)
15. Instituto Amazónico de Investigaciones Científicas SINCHI
16. Instituto de Investigaciones Marina y Costeras - INVEMAR
17. Instituto Colombiano de Geología y Minería (INGEOMINAS)
18. Instituto de Planificación y Promoción de Soluciones Energéticas para las Zonas No Interconectadas (IPSE)
19. Instituciones de Investigaciones Ambientales del Pacífico (IIAP)
20. Instituto Colombiano de Bienestar Familiar (ICBF)
21. Instituto de Investigación de Recursos Biológicos, Alexander von Humboldt
22. Universidad Sergio Arboleda
23. Pontificia Universidad Javeriana
24. Universidad EAFIT
25. Universidad Nacional de Colombia
26. Universidad Militar Nueva Granada
27. Universidad de Manizales
28. Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación - Colciencias
29. Departamento para la Prosperidad Social - Acción Social
30. Departamento Administrativo Nacional Estadístico (DANE)
31. Departamento Administrativo de Seguridad (DAS)
32. Departamento Nacional de Planeación (DNP)
33. Comando General de las Fuerzas Militares de Colombia
34. Fuerzas Aérea Colombiana
35. Portal Marítimo Colombiano - DIMAR
36. Unidad de Planeación Minero Energético (UPME)
37. Agenda Nacional de Hidrocarburos (ANH)
38. Aeronáutica Civil de Colombia
39. Corantioquia
40. Corporación Colombiana de Investigación Agropecuaria (CORPOICA)
41. Centro Internacional de Física (CIF)
42. Alcaldía Mayor de Bogotá D.C. Secretaría Distrital de Ambiente
43. Corporación Maloka
44. Unidad Administrativa Especial Parques Nacionales de Colombia

3. Comisión Intersectorial para la prevención del reclutamiento y utilización de niños, niñas, adolescentes y jóvenes por grupos organizados al margen de la ley. Esta Comisión se creó a través del Decreto 4690 "Por el que se crea la Comisión Intersectorial para la prevención del reclutamiento y utilización de niños, niñas, adolescentes y jóvenes por grupos organizados al margen de la ley" publicado el 7 de diciembre de 2007 con el propósito de prevenir (no atender) que los grupos organizados al margen de la ley que actúan contra el Estado, cesen el reclutamiento y utilización de niños y niñas, tal como en múltiples ocasiones se han comprometido y que a la fecha no han cumplido. Se encuentra integrada por:

1. Vicepresidencia de la República
2. Ministerio de Defensa Nacional
3. Ministerio de Educación Nacional
4. Ministerio del Interior y Justicia
5. Ministerio de Salud y Protección Social
6. Ministerio de Relaciones Exteriores
7. Departamento para la Prosperidad Social - Acción Social
8. Agencia Presidencial de Cooperación Internacional de Colombia
9. Alta Consejería para la Reintegración
10. Instituto Colombiano de Bienestar Familiar (ICBF)
11. Programa Presidencial Colombia Joven, en cuyo ámbito se ubica la Secretaría Técnica de la Comisión Intersectorial

4. Comisión Intersectorial de Políticas y de Gestión de Información de la Administración Pública - COINFO. La COINFO se creó a través del Decreto 3816 "Por el que se crea la Comisión Intersectorial de Políticas y de Gestión de Información de la Administración Pública (COINFO)" publicado el 31 de diciembre de 2003 con el propósito de establecer una definición de estrategias y objetivos en el campo de los sistemas de información del sector público, optimizando la calidad, la accesibilidad y el uso adecuado de la información producida por la institucionalidad del Estado Colombiano. La COINFO se encuentra integrada por:

1. Vicepresidencia de la República
2. Departamento Nacional de Planeación (DNP)

5. Comisión Nacional de Reparación y Reconciliación (CNRR). La CNRR se creó a través del Decreto 1290 "Por la cual se crea la Comisión Nacional de Reparación y Reconciliación", publicado el 22 de abril de 2008 con el propósito de recomendar al gobierno la implementación de un programa institucional de reparación colectiva que permita recuperar la institucionalidad del Estado Social de Derecho, restablecer y promover los derechos de los ciudadanos afectados por hechos de violencia, y a reconocer y dignificar a las víctimas. La CNRR se encuentra integrada por:

1. El Vicepresidente de la República, quien la preside
2. Cinco representantes de la sociedad civil
3. Dos representantes de las organizaciones de víctimas
4. El Procurador General de la Nación o su delegado
5. Un delegado del Ministro del Interior y de Justicia o su delegado
6. El Ministro de Hacienda y Crédito Público o su delegado
7. El Defensor del Pueblo
8. Departamento para la Prosperidad Social - Acción Social
9. La Agencia Presidencial de Cooperación Internacional de Colombia.

6. Comisión Intersectorial para el Avance de la Población Afrocolombiana, Palenquera y Raizal. Esta Comisión se creó a través del Decreto 4181 "Por el cual se crea la Comisión Intersectorial para el Avance de la Población Afrocolombiana, Palenquera y Raizal" publicado el 29 de octubre de 2007 con el propósito de evaluar las condiciones de vida de la población afrocolombiana, palenquera y raizal, y presentar al Gobierno nacional las recomendaciones tendientes a la superación de las barreras que impiden el avance de dicha población, en particular de las mujeres y de los niños, en los campos económico y social; así como la protección y realización efectiva de sus derechos civiles. Se encuentra integrada por:

1. El Vicepresidente de la República, quien la preside
2. Ministerio del Interior y Justicia
3. Ministerio de Relaciones Exteriores
4. Ministerio de Salud y Protección Social
5. La Ministra de Cultura
6. Departamento Nacional de Planeación (DNP)
7. El Director del departamento Administrativo de la Función Pública
8. Departamento para la Prosperidad Social - Acción Social
9. Agencia Presidencial de Cooperación Internacional de Colombia
10. El Director del Programa Presidencial de Promoción, Respeto y Garantía de los Derechos Humanos y de Aplicación del Derecho Internacional Humanitario
11. El Director de Etnias del Ministerio del Interior y de Justicia, o quien haga sus veces

7. Comisión Intersectorial de Unidos. Esta Comisión se creó a través del Decreto 1595 "Por el cual se modifica el Decreto 4719 de 2010, por el que se crea una Comisión Intersectorial", publicado el 17 de mayo de 2011 con el propósito de establecer una estrategia para la superación de la pobreza extrema por parte del Gobierno Nacional. Esta Comisión congrega a 21 entidades del Estado involucradas en la provisión de servicios sociales básicos para la población en pobreza extrema. Su énfasis es asegurar que las familias más pobres puedan acceder a los programas a los que son elegibles. Se encuentra integrada por:

1. Ministerio del Interior y Justicia
2. Ministerio de Defensa
3. Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural
4. Ministerio de Salud y Protección Social
5. Ministerio de Comercio, Industria y turismo
6. Ministerio de Educación Nacional
7. Ministerio de Ambiente y Desarrollo Sostenible
8. Ministerio de Tecnologías de la Información y Comunicaciones (MINTIC)
9. El Director del Departamento Nacional de Planeación (DNP)
10. El Director del Departamento Administrativo de la Presidencia de la República
11. El Director del Departamento Administrativo de Ciencia, Tecnología e Innovación
12. El Presidente del Banco Agrario
13. El Presidente del Fondo Nacional de Ahorro
14. Secretaría de Consejo de Ministros
15. El Alto Consejero Presidencial para la Acción Social y la Cooperación Internacional
16. El Director del Servicio Nacional de Aprendizaje
17. La Directora del Instituto Colombiano de Bienestar Familiar
18. La Directora del Instituto Colombiano de Crédito y Estudios Técnicos en el Exterior
19. El Presidente del Fondo para el Financiamiento del Sector Agropecuario