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Con motivo de las protestas sociales que tuvieron lugar en Chile desde el 18 de octubre de 2019 hasta inicios del año 2020, situación conocida como "estallido social", la CIDH realizó una visita de observaciones en Chile en enero de 2020. Al término de la visita, la CIDH emitió consideraciones preliminares, en las cuales observó que, si bien Chile cuenta con un sistema democrático y un sólido Estado de Derecho, el país enfrentó un gran desafío para adecuar la respuesta de sus instituciones frente a los reclamos democráticos de su población y frente a hechos de violencia en el marco del estallido social de 2019.
El 24 de enero de 2022 la Comisión aprobó y publicó el Informe sobre la Situación de Derechos Humanos en Chile, en el que compiló la información brindada tanto por el Estado como por las organizaciones de la sociedad civil y demás actores con los que se reunió en la visita de trabajo. En el Informe la Comisión formuló 60 recomendaciones dirigidas al Estado de Chile.
Reconociendo la necesidad de dotar de efectividad y eficacia a las recomendaciones en materia de derechos humanos que fueron emitidas en el Informe, la CIDH inició diálogos con el Estado de Chile, con la finalidad de proponer la conformación de un Mecanismo Conjunto de Seguimiento que contribuya en el proceso de cumplimiento de las recomendaciones del Informe. En ese contexto, luego de dialogar con autoridades nacionales, la Comisión y el Estado de Chile acordaron la creación de un mecanismo conjunto de seguimiento a las recomendaciones incluidas en el Informe.
El 25 al 28 de mayo de 2022, la CIDH realizó una visita promocional a Chile para presentar su Informe sobre la situación de los derechos humanos en el país, publicado en enero de 2022, en la cual se acordó la creación de un mecanismo de seguimiento de las recomendaciones. El 12 de diciembre, el Comisionado Relator para Chile, Joel Hernández, viajó a Chile para reunirse con autoridades de alto nivel del Estado para la instalación del MESECH.
El MESECH cuenta con un Plan de Trabajo que tendrá duración de 4 años y tiene la finalidad principal de desplegar acciones de acompañamiento al seguimiento de las recomendaciones emitidas por la CIDH en el Informe Situación de Derechos Humanos en Chile. A partir de este objetivo principal, el MESECH busca la aplicación de metodologías especializadas que permitan que el Mecanismo analice y evalúe los avances en el cumplimiento de las recomendaciones del Informe; así como la articulación y desarrollo de actividades para brindar asistencia especializada en los procesos de implementación de las recomendaciones del Informe.
El Plan de Trabajo del MESECH tiene los siguientes objetivos específicos: