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Existe cooperación entre autoridades a nivel federal y estatal para la atención de investigaciones de graves violaciones de derechos humanos, siempre respetando los derechos humanos de las personas;
En el marco de la Conferencia Nacional de Procuración de Justicia se han aprobado diversos protocolos para la investigación de delitos que atentan contra los derechos humanos:
· El 4 y 5 de diciembre de 2017, en el marco de la XXXVIII Asamblea Plenaria de la Conferencia Nacional de Procuración de Justicia (CNPJ), las personas integrantes del órgano colegiado aprobaron el Protocolo Homologado para la investigación del Delito de Tortura y el Protocolo Nacional de Actuación para el Personal de las Instancias de Procuración de Justicia del País, en casos que involucren la Orientación Sexual o la Identidad de Género.
· El 19 de diciembre de 2017 las personas integrantes de la CNPJ aprobaron el Protocolo nacional de actuación de atención a víctimas de secuestro, en votación a través de medios electrónicos.
· El 11 de junio de 2018, se publicó en el DOF el extracto del Protocolo de actuación.
· Los días 11 y 12 de octubre de 2018, en la XL Asamblea Plenaria de la CNPJ, las personas integrantes de la CNPJ aprobaron el Protocolo Homologado de Investigación de Delitos cometidos contra la Libertad de Expresión.
El 12 de noviembre de 2018, la STCNPJ publicó en el DOF el extracto del Protocolo.
· En la II Sesión Extraordinaria 2018 de la Asamblea Plenaria de la CNPJ a través de medios electrónicos, celebrada del 4 al 13 de julio de 2018, las personas integrantes del órgano colegiado aprobaron el Protocolo Homologado de Investigación de los Delitos de Desaparición Forzada y Cometida por Particulares.
Aunado a ello, el artículo 22 de la Ley General para Prevenir, Investigar y Sancionar la Tortura y Otros Tratos o Penas Crueles, Inhumanos o Degradantes establece que la investigación, persecución y sanción de los delitos previstos en esa Ley estarán a cargo de las autoridades federales, cuando:
1. Se encuentre involucrado algún Servidor Público federal como responsable, o como sujeto pasivo de los delitos previstos en esta Ley;
2. Se actualicen las hipótesis previstas en la Ley Orgánica del Poder Judicial de la Federación, en el Código Nacional de Procedimientos Penales, en el Código Penal Federal, o en cualquier otra disposición que le otorgue competencia a la Federación;
3. Exista una sentencia o decisión de algún organismo internacional de protección de los derechos humanos o una resolución de un órgano previsto en cualquier tratado internacional en la que se determine la responsabilidad del Estado mexicano por defecto u omisión en la investigación, persecución o enjuiciamiento de los delitos previstos en esta Ley;
4. El Ministerio Público de la Federación solicite a la Fiscalía Especializada de la Entidad Federativa, le remita la investigación correspondiente, atendiendo a las características propias del hecho, así como a las circunstancias de ejecución o la relevancia social del mismo.
La Víctima podrá pedir al Ministerio Público de la Federación que solicite la remisión de la investigación, a la que el Ministerio Público deberá responder de forma fundada y motivada. En los casos no contemplados en este artículo, serán competentes las Fiscalías Especializadas de las entidades federativas.
Así mismo, los Agentes del Ministerio Público Federal (AMPF) de la Fiscalía Especializada en Investigación del Delito de Tortura (FEIDT) rigen su actuar en cumplimiento a las disposiciones legales como es la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos, la leyes de la materia y el Protocolo Homologado para la investigación del Delito de Tortura, llevando a cabo lo establecido en los mismos, siendo así que la investigación debe realizarse de manera inmediata, eficiente, exhaustiva, profesional e imparcial, libre de estereotipos y discriminación, orientada a explorar todas las líneas de investigación posibles que permitan allegarse de datos para el esclarecimiento del hecho que la ley señala como delito, así como la identificación de quien lo cometió o participó en su comisión.