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Cabe señalar que entre 2016 y 2019, se aumentó en un 27% el presupuesto de la SESAL. Esto ha permitido que no exista desabastecimiento de ninguna vacuna desde en este periodo. Asimismo, han contribuido a la reducción de la tasa de incidencia y mortalidad por enfermedades prevenibles por vacunación, logrando erradicar la Difteria, Poliomielitis, Sarampión, Síndrome de Rubéola Congénita y Rubéola .
Para el 2021, el Consejo de Ministros aprobó un aumento en la asignación de fuentes externas, pasando de L. 2,000,000,000 a casi L. 4,900,000,000. Lo que representa un aumento de más del 50% en la asignación fuentes externa del presupuesto para la Secretaría de Salud. El cual ha sido remitido al Congreso Nacional para su aprobación.
Se aprobó el Plan de Trabajo 2019-2022 en el área sanitaria, que desarrolla intervenciones que generan impacto a corto plazo, el abastecimiento de medicamentos, material médico quirúrgico, reducción de la mora quirúrgica, situaciones epidemiológicas, entre otras. Se cuenta con 8 Hospitales Nacionales, 6 regionales, 17 hospitales de área, 447 centros de salud con médicos, 1,097 centros con enfermeras, 74 clínicas materno infantil y 3 clínicas periféricas, para un total de 1,652 unidades de salud en 2019.
Por otra parte, se gestiona la compra de medicamentos con el Fondo Estratégico de la Organización Panamericana de la Salud, logrando un abastecimiento del 84% a nivel nacional de medicamentos e insumos quirúrgicos.
En el marco de la emergencia humanitaria y sanitaria del COVID-19 autorizó a la Secretaría de Finanzas para que en los ejercicios Fiscales 2020 y 2021, realice contrataciones interna o externa de préstamos, redistribución o reasignación de recursos externos disponibles, entre otros, hasta por un monto de 2,500 millones de dólares americanos. Dichos recursos serán destinados para dotar al Sistema Sanitario Nacional de Capacidades de Respuesta Inmediata para el control, contención y propagación de la Epidemia.
El presupuesto ejecutado por parte de la Secretaría de Salud para contrarrestar los efectos de la pandemia, hasta el 16 de octubre del 2020 es de L. 527,526,433.7 millones.