El proceso de descentralización en el Perú se realiza por etapas, en forma progresiva y ordenada conforme a los criterios que permitan una adecuada asignación de competencias y transferencias de recursos del gobierno nacional hacia los gobiernos regionales y locales (Art. 188 de la Constitución Política).

En ese sentido, el Perú se encuentra integrado por regiones, departamentos, provincias y distritos en cuyas circunscripciones se constituye y organiza el gobierno nacional, regional y local preservando la unidad e integridad del Estado y de la Nación (Art. 189 de la Constitución Política).

Tanto los gobiernos regionales como locales tienen autonomía política, económica y administrativa en los asuntos de sus competencias, lo que facilita la coordinación entre ellos sin interferir en sus funciones y atribuciones respectivamente (Arts. 191 y 194 de la Constitución Política).

De acuerdo al Art. 22 de la Ley 27783 "Ley de Bases de la Descentralización", publicada el 18 de julio de 2002 se establece como entidad responsable de la dirección y conducción del proceso de descentralización al Consejo Nacional de Descentralización (CND).

En 2007, el CND se fusiona a la Presidencia del Consejo de Ministros (PCM) cambiando su denominación por la Secretaría de Descentralización conforme al Decreto Supremo 063-2007-PCM "Decreto Supremo que aprueba el Reglamento de Organización y Funciones de la Presidencia del Consejo de Ministros", publicado el 14 de julio de 2007.

La Secretaría de Descentralización es la entidad encargada de dirigir, coordinar y articular la política nacional en materia de descentralización de manera concertada en los tres niveles de gobierno, conforme a los dispuesto en el Decreto Supremo 063-2007-PCM "Decreto Supremo que aprueba el Reglamento de Organización y Funciones de la Presidencia del Consejo de Ministros", publicado el 14 de julio de 2007.

De acuerdo a sus atribuciones, en diciembre de 2011 la Secretaría de Descentralización ha presentado el proyecto de Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016) como propuesta de política pública para consulta con las regiones y para el relanzamiento de la descentralización en el país.

La institución a nivel nacional encargada de la descentralización en el Perú es la Secretaría de Descentralización

La Secretaría de Descentralización es la entidad encargada de dirigir y conducir el proceso de descentralización, coordinar y articular la política general de gobierno con los gobiernos subnacionales. Asimismo, brinda asistencia técnica para contribuir al fortalecimiento de las capacidades en gestión a los gobiernos regionales y locales, así como conducir la inversión descentralizada que permita el desarrollo e integración regional (Art. 38 del Decreto Supremo 063-2007-PCM "Decreto Supremo que aprueba el Reglamento de

Organización y Funciones de la Presidencia del Consejo de Ministros", publicado el 14 de julio de 2007).

La organización de la Secretaría de Descentralización está comprendida por las siguientes unidades orgánicas: 1. Oficina de Transferencia, Monitoreo y Evaluación de Competencias; 2. Oficina de Desarrollo de Capacidades Regionales y Municipales y Articulación Gubernamental; y 3. Oficina de Gestión de Inversiones (Art. 40 del Decreto Supremo 063-2007-PCM "Decreto Supremo que aprueba el Reglamento de Organización y Funciones de la Presidencia del Consejo de Ministros", publicado el 14 de julio de 2007).
Las funciones de la Secretaría de Descentralización son las siguientes (Art. 39 del Decreto Supremo 063-2007-PCM "Decreto Supremo que aprueba el Reglamento de Organización y Funciones de la Presidencia del Consejo de Ministros", publicado el 14 de julio de 2007):

a) Evaluar y articular los planes sectoriales y coordinar la formulación de los Planes Anuales de Transferencias;

b) Conducir,  ejecutar, monitorear y evaluar la transferencia de competencias y recursos del gobierno nacional a los gobiernos regionales y locales;

c) Promover el desarrollo de capacidades de gestión a nivel regional y local;

d) Coordinar y articular políticas y planes de gestión descentralizada, y proponer el Plan Nacional de Regionalización; 

e) Promover la integración regional y local y su fortalecimiento; 

f) Articular y fortalecer la coordinación entre el gobierno nacional, y los gobiernos regionales y locales en el marco del diálogo  y la concertación;

g) Promover la constitución de las Juntas de Coordinación Interregional, la conformación de regiones y la integración de provincias y distritos;

h) Coordinar con las instancias correspondientes, la adecuación de la normatividad del Gobierno Nacional y de los Gobiernos Regionales y Locales, en el marco del proceso de descentralización;  

i) Supervisar el desarrollo de plataformas regionales de competitividad que permitan el desarrollo de los Gobiernos Regionales y Locales;

j) Emitir opinión sobre las controversias que se produzcan durante el proceso de acreditación; 

k) Elaborar el Informe anual sobre el proceso de descentralización que será remitido al Congreso de la Republica;

l) Brindar asesoramiento al Presidente del Consejo de Ministros en materia de Descentralización, y apoyar la acción de la Presidencia del Consejo de Ministros en los fondos de inversión;

m) Aprobar  y proponer normas en materia de  Descentralización;

n) Expedir el informe previo favorable y realizar la determinación de los montos a que se refieren el numeral 5 incisos a) y c) del artículo 15º de la Ley Nº 28411 - Ley General del Sistema Nacional de Presupuesto;

o) Supervisar el cumplimiento de la Política Nacional en materia de Descentralización;

p) Brindar asistencia técnica y/o financiera no reembolsable en materia de inversiones y concesiones, en coordinación con organismos especializados del gobierno nacional;

q) Emitir opinión técnica y legal;  y brindar asesoría y asistencia técnica y legal, en materia de su competencia;

r) Administrar el Registro de Mancomunidades Municipales y el Registro Nacional de Juntas de Coordinación Interregional; y

s) Otras funciones  que le sean asignadas por la  Alta Dirección.

Para el cumplimiento de sus funciones, la Secretaría de Descentralización ha establecido una serie de estrategias y mecanismos, los cuales se encuentran plasmados en la propuesta del Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016).
El Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016) establece los siguientes objetivos como parte de la reforma descentralista:
1. Gestión moderna asentada en la soberanía de la comunidad de ciudadanos, gobierno nacional unitario y autonomías de gobiernos subnacionales (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 119):

• Ampliación de sistemas de representación política: partidos regionales y nacionales, y  participación ciudadana en sistema nacional.
• Bicameralidad del Congreso, con representación Regional.
• Conducción de la descentralización en un sistema de conducción, articulación y coordinación intergubernamental, con el Consejo de Coordinación  Intergubernamental (CCI) como órgano consultivo de consenso en política de Estado, y la reinstalación del Consejo Nacional de Descentralización (CND), u otra entidad, como órgano de nivel ejecutivo nacional, en el que participen los niveles de gobierno descentralizado,  que asuma la rectoría de la política del Estado de la descentralización, y tenga la suficiente independencia y autonomía técnica, administrativa y económica para el ejercicio de sus funciones. 

2. Reencuentro con las potencialidades del territorio en la nueva situación global (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 120):

• Adaptación al cambio climático global.
• Las plataformas regionales globales de condición logísticas productivas de valor agregado.
• La articulación en conglomerados regionales al aprovechamiento de recursos naturales.

3. Modernización con la distribución democrática de poder del Estado a gobiernos subnacionales y las sociedades locales (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 120):

• Fortalecer municipios y regiones, y promover las mancomunidades.
• Las redes urbano rurales del Perú rural.
• Los nodos de conglomerados de ciudades metropolitanas e intermedias, y el sistema de ciudades.

4. Gestión pública descentralizada, por resultados para el desarrollo,  con descentralización fiscal (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 120):

• La Gestión Pública por Resultados para el Desarrollo (GpRD) es definida por el Banco Interamericano de Desarrollo (BID) como la "estrategia de gestión que orienta la acción de los actores públicos del desarrollo para generar el mayor valor público posible a través del uso de instrumentos de gestión que, en forma colectiva, coordinada y complementaria, deben implementar las instituciones públicas para generar los cambios sociales con equidad y en forma sostenible en beneficio de la población de un país".
  
  
• De esta forma se articulan la planificación y el presupuesto, de manera que el presupuesto expresa los recursos necesarios para conseguir la visión de mediano y largo plazo que el gobierno quiere lograr. La GpRD orienta todo el ciclo de gestión: i) planificación para resultados, ii) presupuesto por resultados, iii) gestión financiera, auditoría y adquisiciones, iv) gestión de programas y proyectos, iv) monitoreo y evaluación. Además, construye información sobre el desempeño (indicadores y evaluaciones) que permite mejorar la efectividad de la política y la rendición de cuentas a la ciudadanía.
  
  
• Impulsar progresivamente la Descentralización Fiscal para la co participación tributaria, la superación de las brechas territoriales y la inequidad, con el acceso a fondos de redistribución y compensación.

5. Sistemas de innovación local y regional, en circuitos de información y conocimiento vinculados a las dinámicas territoriales (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 122):

• Los sistemas regionales de innovación
• El sistema urbano regional
• Los circuitos de información
• Los circuitos de conocimiento

6. Objetivos nacionales articulados con el planeamiento multianual de los ejes descentralizados de desarrollo e integración (Plan Nacional de Descentralización y Regionalización (2012-2016), pág. 122):

• Proyectos de Inversiones estructurales, articulando esfuerzos conjuntos en las Juntas de Coordinación Interregional.