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La CIDH ha firmado diversos acuerdos de cooperación con instituciones a nivel nacional, regional e internacional.
Corte Suprema de Justicia de Paraguay
La Comisión Interamericana firmó el 22 de febrero de 2013 un acuerdo de cooperación con la Corte Suprema de Justicia de Paraguay con el fin de estrechar las relaciones de cooperación institucional. El objeto del acuerdo es coordinar esfuerzos para fortalecer relaciones entre ambas instituciones, profundizar en el conocimiento del derecho y la difusión de la cultura jurídica en beneficio de una mejor impartición de justicia, así como promover la formación en derechos humanos.
Corte Suprema de Justicia de Colombia
La Comisión Interamericana firmó el 15 de noviembre de 2012 un memorando de entendimiento con la Corte Suprema de Justicia de Colombia con el fin de estrechar las relaciones de cooperación institucional. En el documento se plasmó la intención de las partes de suscribir un acuerdo para atender dicho interés, tendiente a la protección y promoción de los derechos humanos, así como la intención de realizar encuentros, foros y programas dirigidos a la capacitación y formación de los operadores de justicia y de los y las habitantes de Colombia.
Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal
El 18 de octubre de 2012, la CIDH firmó un Acuerdo de Colaboración Institucional con la Comisión de Derechos Humanos del Distrito Federal de México (CDHDF)
Corte Penal Internacional
El 25 de abril de 2012, la CIDH firmó un Memorandum de Entendimiento con la Corte Penal Internacional (CPI)

Suprema Corte de Justicia de México
El 14 de octubre de 2011, la CIDH firmó un Acuerdo con la Suprema Corte de Justicia de la Nación de los Estados Unidos Mexicanos.
Instituto Interamericano de Derechos Humanos y Corte Interamericana de Derechos Humanos
El 19 de agosto de 2004, la Secretaría de la CIDH firmó un Acuerdo de Trabajo Conjunto con la Secretaría de la Corte Interamericana de Derechos Humanos(CorteIDH) y la Dirección Ejecutiva del Instituto Interamericano de Derechos Humanos (IIDH)